四妙丸在中医临床应用主要是治疗湿热下注所致的痹病，症见足膝红肿、筋骨疼痛;还有瘘病，表现为下肢萎软，步履无力，两足麻木肿痛，或筋骨疼痛，小便赤涩热痛，舌苔黄腻，脉濡数。
在现代临床上，四妙丸则可以治疗湿疹、丹毒以及小儿急性肾炎等病症，作用表现的十分良好。
适用症：
1、湿疹：本方治疗急、慢性湿疹、慢性、亚急性湿疹急性发作、药物过敏所致皮肤湿疹样变共31例。用药3至14剂，疗效显著。随访11例，仅1例第二年春天复发并再用本方6剂痊。
2、骨髓炎：四妙丸加减和外用紫色膏治疗骨髓炎5例，均愈。疗程28～90天，伤口愈合时间为20至60天。随访半年至一年，均无复发。
3、关节炎：患者足、膝、肘、肩、手、指关节疼痛、红肿、指关节活动困难，坚持用本方治疗一年有余，症状明显改善。
4、妇科疾病：四妙丸专于清利下焦湿热，适合于治疗妇科疾病，除湿调经，起到调整月经周期的效果。月经不调湿热蕴结下焦，热扰血海，血海不宁甚至经血妄行可致经期延长、月经过多、经间期出血、崩漏等证。
5、其他：本方用于急性、多发性神经炎、急性风湿性关节炎、坐骨神经痛、小儿麻痹后遗症、糜烂性子宫颈炎，有一定疗效。
四妙丸忌食酒、肥甘之品。由于四妙丸的药性和功效，饮酒或食肥甘之品会导致肠胃虚弱之人上吐下泻。
阴虚者禁用，胃寒者、胃弱少食者慎用，腹部怕冷、大便清稀的，也忌用。
四妙丸意在清热，所以不宜于附子、肉桂等温热药同用。
孕妇慎用四妙丸。
