红茶菌液菌液中的絮状物是由木醋桿菌合成的纤维素与菌体交织一起形成的沉淀物，这是由老化的酵母细胞沉集而成，或是适合于生长在菌液底部的酵母菌群体，都是无害的。但是沉淀物太多了可能会因酵母细胞的自溶，而使菌液带有臭鸡蛋味。
茶菌发酵好后，可以倾出发酵液的同时要把菌膜捞出，摘取其絮状物，留下红色的菌膜继续培养，把沉淀物清洗乾净。如果不小心把少量沉淀物混入新的培养液中，并不影响红茶菌的正常发酵。
1、红茶菌水源最好选择井水，泉水等，凡是含有消毒剂的水禁用，如自来水，糖塬料的选择最好不要用蜂蜜，因为蜂蜜的杂质多，就选用砂糖即可。
2、制作红茶菌最重要的就是器皿消毒，培养红茶菌的容器必须要做好消毒，消毒方法有两个：一是把器皿放进开水中煮沸10分钟，二是用母菌液冲洗两次。
3、储存容器建议以玻璃或陶瓷材质为佳，避免使用塑胶、铝或铁製品。
3、制作完成的红茶菌一定要放在通风阴凉的地方，以避免其它杂菌成活。
