因为六神丸中含有蟾酥，其有效成分为蟾毒素等，应用不当易致心律失常;雄黄主要含有硫化砷成分，对肝肾等生命器官有较强的毒素作用。儿童处于发育阶段，心肝、肾功能尚未发育完全，所以两岁一下儿童需慎服六神丸，新生儿禁用。
六神丸参考用法用量：
六神丸每粒约70毫克，小儿一岁每次服一粒;
两岁每次服两粒，3岁每次服3～4粒;
4～8岁每次服5～6粒;
9～15岁每次服8粒;
成人每次服10粒，以上均每日两次。
1、预防不可用于小孩热疖、痱子等疾病。有人出于保健目的，给8至10天新生儿灌服六神丸10～30粒，出现中毒，严重的甚至死亡。
2、六神丸中的明雄黄是有毒的砷化物。如果长期或大量使用会发生慢性砷中毒，可导致肝、肾损害，皮肤色素沉着及角化皲裂等。砷化物还可抑制酶的活性，因此六神丸忌与酶制剂、亚铁盐、亚硝酸盐等西药联合使用，以免降低疗效。
3、服用洋地黄制剂患者应慎用六神丸。因为六神丸与洋地黄制剂在致毒方面有协同作用。服药期间应忌烟、酒及辛辣食物。痈疖疮面化脓溃烂者，不可外敷六神丸。
4、孕妇应禁用六神丸。个别患者对六神丸可发生过敏反应及过敏性休克，如不及时抢救可危及生命。
5、六神不宜长期服用，六神丸中的明雄黄是有毒的砷化物。如果长期或大量使用会发生慢性砷中毒，可导致肝、肾损害，皮肤色素沉着及角化皲裂等。砷化物还可抑制酶的活性，因此六神丸忌与酶制剂、亚铁盐、亚硝酸盐等西药联合使用，以免降低疗效。
