由于奇亚籽有含丰富的 Omega-3 (脂肪酸)，而 Omega-3 有稀释血液作用，因此服用血液稀释药的人要留意它的副作用。
有很多心脏病患者在手术后也会长期服用抗凝血剂来维持心血管畅顺，避免血管堵塞，而这些病患者应谘询医生意见后方可食用奇亚籽，一起食用可能会增加出血风险，奇亚籽副作用可大可小!
加拿大 St. Michael’s Hospital 医院的报告指出，奇亚籽有降血压的功效，同时有可能加强降血压药的效果，所以有血压问题的人吃奇亚籽时必须特别小心，尽量避免食用。
奇亚籽属于高纤食品，成分其中约1/4纤维是水溶性，另外3/4是不溶性。水溶性纤维能为肠脏的益生菌提供能源，而不溶性纤维由于不能被消化，能达到帮助大肠蠕动的作用。对肠胃功能好的人而言，奇亚籽能帮助肠道蠕动，可是对肠胃功能较差的人来说，奇亚籽会与肠脏益生菌产生气体，造成腹胀。
奇亚籽是芡欧鼠尾草的种籽，并且含丰富蛋白质，假如对芝麻、薄荷或芥菜籽过敏，那就千万不能吃 奇亚籽 ，因为它们都是来自同一个草本家族的。一旦过敏，很可能会造成舌头肿胀!
由于奇亚籽含有α-亚麻酸，有研究指出，大量服食α-亚麻酸可能会增加患上前列腺癌的机率，因此属前列腺癌高风险的人士应尽量避免大量服食奇亚籽。
