丙泊酚静脉注射痛的发生率在成人为28%～90%，儿童为28%～85%，这种疼痛可以立刻发生或延后发生。
目前发生机制尚未明了，丙泊酚与所有的酚类药物一样可以强烈刺激皮肤、黏膜和血管内膜而产生疼痛。
丙泊酚作为麻醉诱导药物，引起过敏反应时有报道。
丙泊酚引起过敏反应可能与患者具有遗传性过敏史、存在药物及其它物质过敏史及丙泊酚引起机体组胺释放等有一定的关系。丙泊酚引起过敏反应时临床表现可以为胸前区出现大片红色斑块或丘疹，多发生在丙泊酚静脉诱导后数分钟。极少患者可出现过敏性休克，表现为胸闷、呼吸困难、荨麻疹、血压下降，更为严重者可发生喉头水肿、支气管痉挛，严重危及患者生命。
丙泊酚具有心血管的抑制作用，引起低血压的原因与外周血管阻力降低，心脏前负荷减少，交感神经活性和心肌收缩力下降有关。研究证实，丙泊酚引起的低血压还与其注射速度、注射剂量和对中枢神经系统的影响有关。
丙泊酚可以抑制引起心率增加的压力发射，对交感神经的抑制作用大于副交感神经，从而导致运用丙泊酚后有些患者出现心率过缓，甚至心率小于50次/分。而同时有时候丙泊酚也可导致患者发生窦性心动过速、室性期前收缩、ST段下降等情况。
呼吸抑制
丙泊酚临床运用过程中极易导致患者发生呼吸抑制，即使诱导剂量的丙泊酚也可引起患者呼吸频率减慢和潮气量降低，甚至可引起呼吸暂停，其程度和发生频率大于同类的其他静脉麻醉药。
PRIS为丙泊酚运用过程中最大的风险，一旦发生PRIS，其治疗成功率低，故在临床上以预防为主。
目前认为，输注速率超过5 mg/kg /h 的长时间丙泊酚输注可能导致丙泊酚输注综合征。
丙泊酚既有抗惊厥作用，又有神经兴奋性，但其神经兴奋性少见，多发生在麻醉恢复过程中，通常为一过性。
通过激活γ氨基丁酸受体A(GABAA)，丙泊酚可以使机体产生生理和精神上的欣快感，故存在潜在的成瘾及滥用问题。
感染
丙泊酚溶液含有甘油、纯化卵磷脂、豆油和水等成分，适宜于多数细菌和真菌生长。
单次静注丙泊酚对血糖影响不大，但可使血钾轻度下降，7min时最明显，下降幅度达0.34±0.06mol/L。因此，对术前存在低血钾的患者应用丙泊酚时应注意血钾的监测，必要时补钾。
