木香顺气丸的副作用尚不明确。
木香顺气丸为香燥之品组成，如遇口干舌燥，手心足心发热感的阴液亏损者慎用;本药对气机郁滞，肝气犯胃的胃痛窜走者效果好，不适用于其他证侯的胃痛。凡是药三分毒，因此病好即止，长期吃木香顺气丸的话，可能伤害胃津气，建议服用木香顺气丸虽然副作用很少，但也要注意服用时间。
木香顺气丸的主要组成成分：为木香、砂仁、醋香附、槟榔、甘草、陈皮、厚朴、枳壳(炒)、苍术(炒)、青皮(炒)、生姜等。
分别对应的作用有：
木香、香附：疏肝理气，和中止痛为君药。
厚朴、青皮：行气燥湿，散结消积。
枳壳、槟榔：行气导滞宽中。
陈皮、砂仁：理气化湿和中。
苍术：燥湿健脾，共为臣药。
甘草：甘草为使，调和诸药。
全方配伍，行气化湿，健脾和胃之功。
