甲状腺低下的常见原因，和工厂生产不足的状况很类似，包含：
1、自体免疫疾病：最常见的是桥本氏甲状腺炎 (Hashimoto’s Thyroiditis)，自体的免疫系统会攻击甲状腺的正常细胞，让甲状腺没办法顺利合成。
2、碘摄取不足：甲状腺要合成的时候，碘是重要的原料。如果原料不够，自然就没办法生产足量。
3、甲状腺手术：有些甲状腺肿大的患者，因为实在肿得太大了，导致影响正常的吞咽以及呼吸，就会接受甲状腺切除手术。甲状腺都被切掉了，当然甲状腺素就不足了。
4、药物影响：最常见影响甲状腺素生产的药物，是身心科用来处理躁郁症的药物锂盐 (lithium)，其他还有一些抗癫痫药物或抗心律不整药物，都可能产生影响。
5、放射线治疗：有些头颈部癌症的患者，例如口腔癌患者，可能会接受放射线治疗。放射线攻击癌细胞的同时，也可能伤害到正常的甲状腺组织，导致甲状腺低下。
临床上甲状腺功能低下症的患者经常是60岁以上的女性，除此之外，甲状腺功能低下症也可能由医疗行为所引发。
女性
60岁以上的老人
拥有甲状腺相关疾病家族史的人
拥有各种自体免疫疾病家族史的人
服用抗甲状腺药物或接受放射性碘治疗的人
接受过甲状腺相关手术的人
孕妇或刚生产过的妇女
医师通常都会建议患者每天口服合成的甲状腺荷尔蒙补充剂，或称左旋甲状腺素(Levothyroxine)。但除了合成的甲状腺素，其实也有从猪的甲状腺萃取的天然产品。接着，医师会每2~3个月检查患者，并调整剂量。有心血管疾病，和严重甲状腺机能低下的人，使用左旋甲状腺素治疗的初始剂量，须特别注意不能过多，并且要循序渐进地增加。若剂量过多，就会造成食慾大增、失眠、心悸，和颤抖的副作用。甲状腺机能低下症状不明显的人，请与医师讨论其他治疗方法。
此外，某些营养补充品和药物，可能会影响身体对左旋甲状腺素的吸收，因此若有以下状况请告知医师：
摄取很多黄豆制品或高纤食品。
有在使用铁质补充剂，或含铁的综合维生素。
服用销胆胺(Cholestyramine)、氢氧化铝(Aluminum hydroxide，常见于许多制酸剂中)、钙质补中品。
