甲硝唑可以用于痤疮的治疗，痤疮为毛囊皮脂腺的慢性炎症，其发生和避免微生物的感染有密切关系。
常见的病原微生物是痤疮丙酸杆菌以及金黄色葡萄球菌。甲硝唑是常见的用于皮肤厌氧菌感染引起的皮肤感染性疾病，痤疮丙酸杆菌也属于皮肤的厌氧菌，所以甲硝唑可以用于痤疮。需要指出的是有条件的建议进行病原微生物的药物敏感试验来确定适合用的抗生素。
痤疮发生是两方面的因素：一是病原微生物的感染;二是和局部的炎症反应有密切关系。所以甲硝唑用于痤疮，也有上述两方面的治疗作用基底。需要指出的是痤疮除上述两方面因素外，还和局部的角质形成细胞角化异常有密切关系。所以临床也常用到促进角质形成细胞角化趋于正常的药物，如异维A酸，阿达帕林凝胶。
用甲硝唑来治疗痘痘是非常传统的手法，主要是控制炎症。如果说是粉刺，甚至是大的囊肿，单纯的使用甲硝唑外用是效果不好的。这时候小的粉刺就刷果酸，或者用阿达帕林之类的维甲酸类的药物点涂，效果比较好。大的结节和囊肿可以配合光动力，单针射频，口服异维A，口服抗炎药等的治疗方式来治疗，不能够单纯地依靠甲硝唑来涂抹。对于小片状的脂溢性皮炎，好发在鼻翼两侧的眉毛中间的红斑，涂涂甲硝唑会有明显的抑菌作用，从而达到治疗的效果。
以上的使用方法以及药品等都需要在医生指导下使用，切勿自行使用。
甲硝唑片是临床上常见的抗生素，口服吸收好且在体内分布广泛，可进入感染病灶，对滴虫、阿米巴滋养体以及破伤风杆菌具有强烈的杀灭作用，是治疗阿米巴病、滴虫病和破伤风的首选药物。
此外临床上还可以用于治疗厌氧菌引起的口腔、腹腔、女性生殖器、下呼吸道和骨关节部位等部位的感染。
同时甲硝唑对幽门螺杆菌感染的消化性溃疡以及四环素耐药引起的假膜性肠炎也有特殊疗效，注意在用药期间和停药一周内禁用含乙醇的饮料。
