长期服用奥美拉唑，可以引起消化道症状如恶心，呕吐，便秘等。会影响人体对一些富含膳食纤维食物的消化，有可能会诱发慢性萎缩性胃炎和B族维生素缺乏症。
还可以导致白细胞减少症、血小板减少症、粒细胞缺乏症、全血细胞减少症。男性女性化。肝功能异常等。
服用奥美拉的副作用还要可能会产生可逆性精神错乱、易激惹、抑郁、攻击和幻觉。对人的精神和精力都有些微的损耗，这就是其副作用之一。
少数患者服用奥美拉唑后可出现过敏性水肿，皮肤红斑，奥美拉唑还可引起口臭出汗、肺水肿、多尿及肾功能衰竭。使得病人的皮肤非常瘙痒，甚至还有可能出现严重的荨麻疹。有时候患者在服用奥美拉唑肠溶胶囊的同时做肝脏功能检查可以出现暂时性的肝功能异常现象。
1、对本品过敏者禁用。
2、严重肝肾功能不全者慎用。
3、疑有胃癌的患者，在使用奥美拉唑的时候要慎用，避免药物对症状的减轻造成延误、误治，导致胃癌继续发展。
注意事项：
1、当怀疑和治疗胃溃疡时，应先排除胃癌可能性再使用本药品，因用本药品可减轻其症状，从而延误诊断治疗
2、肝肾功能不全者慎用
3、本药品具有酶抑制作用，可延缓经肝脏细胞色素P450系统代谢的药物（如双香豆素、安定、苯妥英钠、华法令、硝苯定）在体内的消除。当本药品与上述药物一起使用时，应酌情减轻后者用量
4、不良反应及发生率与雷尼替丁相似，主要有恶心，上腹痛等。皮疹也有发生，一般是轻微和短暂的，大多不影响治疗
5、对本品过敏者禁用。
6、严重肝肾功能不全者慎用。
7、奥美拉唑注射剂只能用于静脉滴注用，不能用于静脉注射。
