症状多在生后2～12周出现，起病缓慢，多不发热或偶有低热，可有轻度呼吸道症状，然后出现咳嗽和气促，吸气时常有细湿啰音或捻发音，少数有呼气性喘鸣。约50%患儿同时患有结膜炎或有结膜炎病史。
潜伏期6～14天，发病呈感冒样症状，常有发热，咳嗽初期为干咳，以后有痰，呼吸困难或轻或重。有相对缓脉、肌痛、胸痛、食欲不振，偶有恶心、呕吐。如为全身感染，可有中枢神经系统感染症状或心肌炎表现，偶见黄疸，多见肝、脾肿大。
临床表现无特异性，与支原体肺炎相似。起病慢，病程长，一般症状轻，常伴咽、喉炎及鼻窦炎为其特点。上呼吸道感染症状消退后，出现干湿啰音等支气管炎、肺炎表现。咳嗽症状可持续3周以上。
根据病史和相关症状即可诊断。
1、病史：
沙眼衣原体肺炎时，常有母亲感染史及结膜炎病史，小婴儿多见。鹦鹉热肺炎常有接触病菌及其污染物的病史。肺炎衣原体肺炎年长儿多见，多无病禽接触史。
2、各类症状表现如上。
检查方法
1、X线胸片表现：
（1）沙眼衣原体肺炎：双肺广泛间质和肺泡浸润，过度充气征比较常见，偶见大叶实变。
（2）鹦鹉热衣原体肺炎：从肺门向周边，特别向下肺野可见毛玻璃样阴影中间有点状影。
（3）肺炎衣原体肺炎：无特异性，多为单侧下叶浸润，表现为节段性肺炎，严重者呈广泛双侧肺炎。
2、血白细胞总数一般正常，嗜酸性粒细胞增多。
3、衣原体抗体诊断标准为双份血清抗体滴度4倍以上升高。
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