1.饮食因素
饮食可使粪便菌丛发生明显改变。无纤维食物促进细菌易位。纤维能维持肠黏膜细胞的正常代谢和细胞动力学。食物纤维能减少细菌易位，但不能使屏障功能恢复至正常。
2.菌丛的变化因素
菌丛组成可因个体不同而存在差异，但对同一个人来说，在相当长的时期内菌丛组成十分稳定。每个菌种的生态学地位由宿主的生理状态、细菌间的相互作用和环境的影响所确定。
3.药物的代谢因素
任何抗生素都可导致肠道菌丛的改变，氯林可霉素和氨苄青霉素等容易引起菌群失调，使耐药的艰难梭菌大量繁殖而致病，导致抗生素相关性腹泻。
4.年龄因素
随着年龄的增高，肠道菌群的平衡可发生改变，双歧杆菌减少，产气荚膜杆菌增加，前者有可能减弱对免疫机能的刺激，后者导致毒素增加使免疫受到抑制。
5.胃肠道免疫功能障碍
胃肠道免疫功能障碍，可引起小肠内需氧菌与厌氧菌过度繁殖，从而造成菌群失调，引起慢性腹泻。新生儿期菌群失调发生率较高，可能与免疫系统发育未成熟或不完善有关。
1.在发生腹泻时，会有淡黄绿色的水样大便。有时候也是蛋花样的大便。有的还会有腹痛的情况发生，有发生严重腹泻的患者，会有脱水的情况。
2.有的患者会有白色念珠菌性的肠炎。这种肠道菌群失调的症状多出现在瘦弱的婴儿身上。这样的症状腹泻时是水样的情况，还会有消化不良，如果不及时进行治疗就会扩散到泌尿道，呼吸道甚至是脑组织。
3.绿脓杆菌产生感染通常会有绿色的粪便，不会经常出现腹泻情况，有少数的患者会有恶心，呕吐，电解质紊乱的现象。严重的会有休克现象发生。有的家庭经常会吃放在冰箱中的食物，食物存放过久就会出现变质，就会导致肠道菌群的失调，就出现腹泻，呕吐现象。
