一般俗称之为：“腹泻奶粉”。
这种奶粉主要用于原发性乳糖不耐受和继发性乳糖不耐受的婴儿。
患这种病的孩子因为乳糖酶缺乏或者乳糖酶活性减低，因此饮用含有乳糖的配方奶会引起腹泻而且长期不愈，因此需要选用不含乳糖的配方奶粉，多以葡萄糖多聚体，蔗糖，麦芽糖糊精，玉米糖浆等来代替乳糖。
对于继发性乳糖不耐受患儿，食用无乳糖配方奶粉大便正常后还要继续使用2~3周，待小肠绒毛上的乳糖酶完全修复后才能停用，置换回一般的配方奶粉需要采用渐进式换奶方式。
这种奶粉针对苯丙酮尿症患儿。
苯丙酮尿症是由于婴儿苯丙氨基酸代谢障碍引起的，是一种常染色体隐性遗传疾病，需要采用限制饮食治疗，而且必须从新生儿或婴儿早期开始才能避免对神经系统的损伤，因此要选用低(无)苯丙氨基酸水解蛋白配方奶粉。
特殊医学用途配方奶粉：针对牛奶蛋白过敏的奶粉
1、水解蛋白配方奶粉
是指经过特有的水解技术，将牛奶中的蛋白质(包括酪蛋白及最容易引起牛奶过敏的β-乳球蛋白)水解成分子较小的肽链，这样便可大大降低牛奶的致敏性，但不影响氨基酸的含量,其渗透压低,不通过胃肠道消化可以直接吸收,含渣量少或无渣,可以减少孩子的粪便量.适用于对牛奶蛋白过敏的孩子,也是医生喜欢选择的一种具有治疗意义的奶粉,但是价格比较贵,味道可能不如普通婴幼儿奶粉。
根据蛋白的水解程度，水解蛋白配方奶粉可分为部分水解蛋白配方和完全水解蛋白配方。蛋白水解得越完全，致敏性越低，但完全水解蛋白对脂肪的溶解性差，影响对脂肪的吸收，可用于大部分轻到中度牛奶蛋白过敏的饮食治疗。
部分水解蛋白配方奶是通过专门的蛋白水解工艺，把高致敏性的普通牛奶蛋白变成低致敏性的小分子蛋白，从而减少孩子过敏的风险，只能作用于食物过敏的饮食预防。
目前只被推荐给那些父母双方至少一方有过敏史的所谓有高风险的孩子。它与普通牛奶配置的配方奶粉相比，营养成分相同，过敏源含量少，与深度水解和氨基酸配方奶粉的味道相比比较可口，容易被孩子接受。使用时可直接停用原配方奶粉更换成水解蛋白奶粉，但是从水解蛋白奶粉要换回一般婴儿配方奶粉时，则需采用渐进式换奶方式。
2、氨基酸配方奶粉(又称‘无敏配方奶’)
蛋白质的基本单位是氨基酸，人体摄入的食物蛋白在体内首先需要分解为氨基酸，然后才能被机体吸收利用。氨基酸配方奶粉是将牛奶蛋白质完全水解为氨基酸，对婴儿肠胃没有刺激，无致敏性，适合对蛋白质过敏的婴儿食用以及作为对牛奶蛋白过敏的辅助诊断用。与深度水解蛋白奶粉相比，氨基酸奶粉实在预防蛋白质过敏方面效果更好。因为氨基酸配方奶粉既无牛奶蛋白也无乳糖，所以乳糖不耐受患儿也可以作为治疗食用。
早产儿/低出生体重儿配方是专为生长快速但不能得到母乳的早产儿/低出生体重儿设计。
其所含热量高，达80kcal/100ml(普通配方为67 kcal/100ml);蛋白质含量高且易被利用;所含其他营养素也符合快速生长早产儿的需求，可用到体重达4～5公斤。但仍不如母乳+母乳营养补充剂好。
