核磁共振是将人体置于特殊的磁场中，用无线电射频脉冲激发人体内氢原子核，引起氢原子核共振，并吸收能量。在停止射频脉冲后，氢原子核按特定频率发出射电信号，并将吸收的能量释放出来，被体外的接受器收录，经电子计算机处理获得图像，这就叫做核磁共振成像。
CT是用X线束从多个方向对人体检查部位具有一定厚度的层面进行扫描，由探测器而不用胶片接收透过该层面的X线，转变为可见光后，由光电转换器转变为电信号，再经模拟/数字转换器转为数字，输人计算机处理。
核磁共振可根据需要直接显示人体任意角度的切面像，可以直接作出横断面、矢状面、冠状面和各种斜面的体层图像;而CT只能显示与身体长轴相垂直的横断层像。
核磁共振对主要检查脑内血肿、脑外血肿、脑肿瘤、颅内动脉瘤、动静脉血管畸形、脑缺血、椎管内肿瘤、脊髓空洞症和脊髓积水等颅脑常见疾病非常有效，同时对腰椎椎间盘后突、原发性肝癌等疾病的诊断也很有效，不会产生CT检测中的伪影，无电离辐射，对机体没有不良影响。
CT对平片检查较难显示的部分，例如同心、大血管重叠病变的显示，更具有优越性。同时CT对胸部疾病的诊断，随着高分辨力应用，日益显示出它的优越性。通常采用造影增强扫描以明确纵隔和肺门有无肿块或淋巴结增大、支气管有无狭窄或阻塞，对原发和转移性纵隔肿瘤、淋巴结结核、中心型肺癌等的诊断，起着主要的诊断作用。肺内间质、实质性病变也可以得到较好的显示。对胸膜、膈、胸壁病变，也可清楚显示。
核磁共振检查费用昂贵，远远高于CT检查的费用，一个部位的核磁共振检查费在800—1300元，而CT仅180—600元;运转维护费用高，一年约耗电40万度，仅电费一项即需几万元人民币，还需要液氦、液氮、重水和其他材料等。
