小孩得了百日咳通过积极的治疗和护理是不会留下后遗症的，但是如果宝宝体质差，而且没有及时治疗，则也是有出现后遗症的可能性的，主要包括有呼吸系统方面的后遗症和神经系统方面的后遗症。
呼吸系统的后遗症
百日咳的主要后遗症是咳嗽，咳痰，还有的患儿会出现咽炎，气管炎和支气管炎的情况。对于一些抵抗力差的孩子来说，在患过百日咳后，还是经常反复的咳嗽的话，家长可以考虑中医治疗，帮助孩子彻底去除病灶，另外，平时的饮食要特别注意，吃的清淡一些，避免长时间带孩子待在对呼吸系统有刺激的环境中，减少咳嗽等发作的概率。
神经系统的后遗症
百日咳杆菌的内毒素可能会引起一系列中枢神经系统的后遗症，例如癫痫，智力减退，发育减慢等情况。有的患儿会表现为反复抽搐，有意识障碍，甚至出现脑水肿，脑疝等而危及生命。不过这种情况发生的概率不是很大，而且，由于其表现症状很明显，家长可以明确区分并及时就医治疗。
百日咳一天咳嗽多少次没有确定的次数，在宝宝患病的时候家长也不会特地去数，主要是看咳嗽的持续时间，根据病情轻重情况不同，咳嗽的时间长短也不一样。
大部分百日咳患儿每天咳嗽次数都是比较多，有的甚至是会连续咳嗽十分钟左右，会损伤到他们的咽喉部位，造成炎症的发生，还会伴随着恶心呕吐等症状表现，接连出来更多的并发症，患儿在晚上也无法更好的安睡，会加重咳嗽的程度和次数。
百日咳是一种传染性非常强的疾病，所以我们家长在宝宝的了百日咳期间，一定要给宝宝做好隔离工作。
一般要隔离四到六星期。令儿童独处一室，避免不良刺激，如寒风，烟尘，以及精神紧张等。
患儿居室要保持通风，但同时不能让他受寒，勤更衣洗晒。确保患儿要有足够睡眠，如有夜间剧烈咳嗽者，可酌情使用镇静药物。
