咖啡中含有的咖啡因，孕妇摄入太多可能会导致婴儿手指畸形，腭裂和其他畸形。有研究表明，怀孕的妇女在怀孕的头三个月每天喝三杯咖啡，和不喝咖啡的孕妇相比，每天摄入超过三杯咖啡的孕妇胎儿发生先天性唇裂的机率会增加1.39倍至1.59倍。
孕期摄入过量的咖啡因还可能会损伤胎儿的DNA，使胎儿容易患白血病，这是儿童最常见的癌症。
咖啡的主要成分是咖啡因，可乐碱等生物碱，其中咖啡因是常见的一种中枢神经兴奋剂，它很容易被吸收到血液中并分布到组织中，然后由微粒体细胞色素P450在肝脏中代谢。怀孕期间，由于咖啡因在体内的消除速度很慢，并可迅速通过血脑屏障和胎盘屏障，因此会导致胎儿暴露于其中，摄入过多会影响胎儿生长并有流产风险。
研究表明，如果孕妇每天摄入咖啡因超过500毫克，他们的宝宝的心率和呼吸频率会更快，婴儿发育时间会更长。且这样的宝宝出生后，头几天里醒着的时间也会更长，很容易出现新生儿睡眠问题。
