1、染色体异常
染色体异常包括染色体异常，如单体，三体性和多倍体;结构异常如断裂，缺失和易位可能导致流产。已经对自发性流产和治疗性流产进行了染色体研究。在自然流产中发现了核。类型异常占60%。染色体异常的人每个人都有结构异常，如胎儿或胎盘，正常核型的正常胎儿更为正常。
2、内分泌失调
过度的雌激素和黄体酮缺乏也是早期流产的原因。由于在妊娠12〜14周期间，胎盘形成期代替了妊娠期黄体功能，易发生内分泌失调，特别是黄体功能不全。此外，缺少甲状腺素会损害细胞的氧化过程，以及甲亢和糖尿病。
3、胎盘和胎盘内分泌功能不全
妊娠早期蜕膜蜕膜可引起蜕膜组织出血或增生，绒毛上皮细胞和蜕膜细胞溶解，绒毛膜血管受阻，影响营养物质的吸收和输送，造成受精卵分离依恋、流血和流产。 另外，如果大面积梗塞内的胎盘可以减少胎盘功能，影响胎儿生存;和前置胎盘，胎盘绒毛水肿变性流产也并不少见。
4、血型不匹配
由于以前怀孕或输血，有害因素在母体中产生抗体。这种妊娠从胎盘进入胎儿并与红细胞凝集和溶血，导致流产。
5、精神和神经因素
如惊厥、严重的精神刺激也会导致流产。近年来的研究表明，噪音和振动对人类生殖有一定的影响。
反复流产发生两次或者是两次以上，就称为复发性流产。复发性流产是有病理因素所造成的。导致复发性流产的原因有胚胎染色体的异常、感染性的因素、自身免疫性疾病，所导致的反复性的复发性流产。因此，如果发生了两次或者是两次以上自然流产，生化妊娠或者是胚胎停育。就要进行染色体的检查，首先建议进行夫妻双方的染色体检查。如果发生了胚胎停育，建议对流产的胚胎进行染色体的检查。另外还要进行弓形虫巨细胞病毒、单纯疱疹病毒、风疹病毒、病毒感染的检测。还建议进行免疫功能的检测，包括乙酸震的检查，以排除由于免疫因素所导致的复发性流产。
建议有反复流产的妈妈在下次准备怀孕之前到不孕症专科或者优生优育专科等科室就诊寻找原因。一般情况下医生会建议把流产出来的绒毛做染色体或基因分析，或者检查这位妈妈有没有甲状腺功能低下和潜在糖尿病的问题，这些都可能增加流产风险。还有较为复杂的免疫性机制问题。哪怕胎儿染色体无异常，但夫妇双方染色体有异常，对流产都会有影响。
