发酵时微生物分泌的酶能裂解细胞壁，提高营养素的利用程度。如肉和奶等动物性食品在发酵过程中会分解蛋白质，更利于人体的消化吸收。
微生物还能合成一些B族维生素，特别是维生素B12;在发酵过程中分泌的植物酶，有助于分解植酸，提高人体对钙、铁等矿物质的利用率。
在发酵过程中，微生物不但保留了原来食物中的多糖、膳食纤维、生物类黄酮等对机体有益的物质;还能分解某些对人体不利的因子，如豆类中的低聚糖、胀气因子等。
另外，微生物在新陈代谢过程中会产生不少代谢物，能抑制体内有害物质生成;还会消耗碳水化合物的能量，所以发酵食物的脂肪含量较低。
发酵食物含有丰富的乳酸菌，能够优化肠道状态，提高人体免疫力。
腌制物、纳豆、味噌中的植物性乳酸菌比乳酪、起司中的动物性乳酸菌的效果更强大。因为它不会被胃酸破坏，会以活性状态抵达肠道。
