阴囊根部是精索，男性睾丸根部疼痛有可能是精索炎，这类患者格检查时可以触摸到精索增粗，精索在睾丸的底部进入睾丸后供其血供，并且疼痛时多伴有小腹部或者腹股沟区的放射性疼痛。外观上可以看到阴囊皮肤发红，伴有局部的肿胀感等，需要进行精索的B超检查，并进行血常规检查来进一步的确诊。
附睾炎患者会现附睾头肿胀，患者自觉睾丸根部疼痛，用手触摸时可以摸到增粗的附睾，伴有明显的疼痛感，行附睾的B超检查可以进一步鉴别。
除了附睾炎外，前列腺炎、睾丸炎也都可能导致阴囊根部疼痛。
男性有输尿管下段结石或者尿道的结石，也可能出现睾丸根部放射性的疼痛，这种情况同时还伴有尿频、尿急、排尿异常，需要进行泌尿系统的B超或者尿道镜检查，来鉴别是否存在有结石。
