胎儿发育到第3周时，头端原始口腔的周围形成五个突起，上方正中为不成对的额鼻突，其下方两侧为二个上颌突，在上颌突的下方两侧为二个下颌突。胎儿发育至第5周时，下颌突在中央部融合而构成下唇及下颌骨。同时，额鼻突伸展至左右上颌突之间，其下端分成一个中鼻突和两侧二个侧鼻突。中鼻突在胎儿第6周时又继续向下伸展，其下端又分成二个球状突。球状突与侧鼻突间有一凹沟，即为鼻窝；鼻窝将来发育成鼻孔。胎儿发育至第7周时，二个球状突在中线相互融合，构成上唇的中1/3(唇人中)、鼻小柱及前颌。同时，上颌突已向中线伸展，在上方与侧鼻突融合，构成鼻侧部及颊部；在下方与球状突融合，构成上唇两侧的1/3及鼻孔底。中鼻突和上颌突亦同时向口内伸展；中鼻突垂直向后而构成鼻中隔，上颌突在水平方向、向中线而构成两侧腭突。腭突在胎儿第7周时已与前颌融合；至第10周时，左右两侧腭突在中线相互、并与鼻中隔相融合。这时，口腔与左右鼻腔已完全分开。一般认为，唇裂的发生是由于中鼻突下端的球状突与上颌突未能按时(在胎儿第7周时)融合的结果，而先天腭裂乃是由于两侧腭突未能按时(在胎儿第10周时)相互、并与鼻中隔融合所致。至于引起未能融合的因素，至今尚不确知，可能与遗传、营养、内分泌或感染、创伤等有关。
孕妇缺乏维生素A和B，可导致新生儿先天腭裂。
专家指出，吸烟、酗酒等坏习惯，以及食物中缺乏人体必须的叶酸(属于维生素B族，用于治疗营养性贫血症和口炎性腹泻)和维生素A和B可导致新生儿先天性唇裂、先天腭裂等头颈部畸形。
叶酸是维生素B的一种，它是细胞制造过程中不可缺少的营养素。服用适量叶酸对预防先天性唇先天腭裂可以有一定作用，但应在医生指导下使用。
母亲若有唇腭裂，其子女的发病率高达15%；若父亲有唇腭裂，其子女的发病率为5%。据研究证明，如果已生育一个严重唇腭裂的婴孩，那么出现第二个唇腭裂婴儿的机率为5%；若唇腭裂情况不严重，出现第二个唇腭裂婴儿为3%。近亲结婚者的子女发病率更高。
孕期的不良影响造成
1、患病所致：
从一些临床病例统计证明，妇女妊娠其所患的某些疾病是造成先天性唇腭裂的主要原因。如感冒，尤其是孕期的头3个月，因为胚胎发育的第4周开始形成颜面部，第5周腭部开始发育，第12周时各部份腭完全融合，此时母亲患病则可能造成胎儿腭部发育缺陷。
2、用药不当：
各种药物的副作用是导致胎儿畸形的重要因素，已证实妊娠早期服用羊癫症药物，孕期大量服用维生素A，都可引起先天性唇先天腭裂。
3、不良的嗜好：
怀孕期间抽烟、饮酒或服用含酒精的饮品、酗酒，也使一部份胎儿无辜受害。
4、环境污染：
怀孕初期密切接触化学药物如施农药，或有毒物质，过多接触放射线或长时间从事计算机操作，容易造成胎儿先天性唇先天腭裂。因此，一些专家建议怀孕期间应避免长时间在电脑前工作。
孕期营养不良、精神紧张、不愉快等。
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