巨细胞病毒和大部分性传播疾病一样，都有潜伏期，潜伏期一般是28-60天，平均40天。潜伏期时一般没有特别明显的症状。但少部分孕妇会出现发热、精神不振、肌肉疼痛、头痛、咽痛、寒颤、白带增多等临床症状。
另外，孕妇可通过乳汁、尿液、唾液、宫颈分泌物等排出巨细胞病毒，检查时可发现。
孕早期感染巨细胞病毒，可造成胎儿多种先天畸形疾病或者流产。比如胎儿智力低下、小头、小耳、视神经萎缩、脉络膜视网膜炎。在严重的情况下会造成流产、早产、死胎等，或者是胎儿出生后体重过轻。
在孕中期感染巨细胞病毒，病毒主要通过胎盘让胎儿受到感染，或者病毒通过胎膜使羊水受到污染，被污染的羊水会被胎儿吞咽，致使胎儿合并感染。
在怀孕后期，由于孕妇体内激素的改变，大量巨细胞病毒可被激活，而且部分病毒细胞可从宫颈管排巨细胞病毒，在分娩时，胎儿通过经软产道，可接触或呑咽含病毒的宫颈分泌物、血液而感染。新生儿感染到巨细胞病毒，可出现肝脾肿大、黄疸、血小板减少，或者出现瘀点瘀斑 、脉络膜视网膜炎、脑炎体钙化等情况。
要根据孕妇感染病毒的孕周而定。
1、如果孕妇在孕早期感染巨细胞病毒，建议流产终止妊娠。若此时还抱有希望，觉得自己的胎儿不会被感染，也可以继续妊娠，等到妊娠20周时，抽羊水检查免疫球蛋白(IgM)。如果检查结果显示阳性，表示羊水已经受到感染，胎儿也感染到了巨细胞病毒，此时最好是引产，以免生出的胎儿有畸形。
2、如果孕妇在孕晚期时感染了巨细胞病毒，或者发现巨细胞病毒已经从宫颈管分离出，可以不做处理。等胎儿足月后，可选择经阴道分娩。但在孕晚期的感染并不能说明胎儿是否有感染的情况，很有可能新生儿尿液中隐藏了巨细胞病毒，最好使用一次性尿布，或用过的尿布做消毒处理。
3、巨细胞病毒可通过乳汁排出，因此当产妇在乳汁中检测出巨细胞病毒，产后则不宜母乳喂养，建议人工喂养。
